Az Ellenőrző Bizottság öttagú, tagjait az MMÖNK Tanácsa nevezi ki. Az Ellenőrző Bizottság feladata, hogy évente legalább egyszer megvizsgálja az MMÖNK szerveinek és az általa alapított intézeteknek az ügyvitelét, és erről a Tanácsnak beszámolót készítsen. Elvégez továbbá minden egyéb, a törvény által előírt feladatot.
Az Ellenőrző Bizottság tagjai:
- Kovač Damijana
- Benčec Štefka
- Cuk Laura
- Kanjec Aleksandra