A Tanács mellett Elnökség működik. Az Elnökség tagjai a Muravidéki Magyar Önkormányzati Nemzeti Közösség elnöke, alelnöke, valamint a községi magyar nemzeti önkormányzatok elnökei.

Az Elnökség feladatai, hatásköre:

• segíti és felügyeli az elnök munkáját,
• felügyeli a folyamatos ügyvitel lebonyolítását,
• javaslatok, kezdeményezések, vélemények előterjesztése a Tanács felé,
• rendszeres ülésezés és döntéshozatal a hatáskörébe tartozó feladatokról,
• határozatot hoz egyes muravidéki jellegű kérdésekben, az alapszabályzattal, a Muravidéki Magyar Önkormányzati Nemzeti Közösség egyéb rendeleteivel, valamint a Tanács döntéseivel összhangban.